Наиболее эффективно применение мускатного ореха в блюдах, где сочетаются мясо или рыба с овощами, грибами, тестом и в соусах, многим из которых мускатный орех придает основной аромат. Без него не обходится консервная, особенно рыбная, промышленность. С ним маринуют сельдь, коптят самую разную рыбу.

Мускатный орех вреден в больших количествах, так как содержит в себе 2 вещества: миристицин и элемицин, которые в больших количествах могут привести к отравлению. Как правило мускатный плохо совместим с алкоголем.